El club nace en el año 1997 de la mano de gente entusiasta y emprendedora que con el nombre de ZAFIRO Club Deportivo y Cultural empieza su andadura en el fútbol base de la Ciudad de Elche con equipos formados por jugadores de 6 a 18 años cubriendo todas las categorías.
En el año 2009 el Club llega a un acuerdo con el Club Deportivo ANEF ELCHE (Asociación Nacional de Entrenadores de Fútbol) para que su escuela sea gestionada por este club y de esta forma poder potenciar más la escuela y centrarse en los equipos de fútbol 11. Cada año los jugadores de ANEF ELCHE alevines pasaban a formar parte de los equipos infantiles del Zafiro CDC.
